Высшим органом управления Императорского Православного Палестинского Общества является Конференция, заменяющая общее собрание членов Общества.

Организационная структура
Императорского Православного Палестинского Общества

Сроком на 5 лет она избирает Председателя ИППО, членов Совета, Попечительский Совет и Ревизионную комиссию. Совет ИППО выбирает почетных членов, которые образуют Комитет во главе с Патриархом Московским и всея Руси. Совет ИППО принимает решения о создании секций, отделений и представительств Общества. Исполнительным органом является Управление делами ИППО.

В настоящий момент в структуру ИППО входит 6 секций:

организационно-правовой работы
международного сотрудничества и культурного обмена
научной, археологической и издательской деятельности
паломнической деятельности
культурно-просветительской работы
молодежная секция.

Отделения ИППО открыты в следующих странах:

Абхазия
Болгария, Варна
Греция, Салоники
Палестина, Вифлеем
Израиль, Иерусалим
Иордания, Амман 
Кипр, Ларнака
Латвия, Рига
Мальта
Молдова
Сирия, Дамаск
Украина, Киев и Одесса
Черногория
Эстония, Таллин.

Отделения в Израиле, Палестине и на Кипре имеют статус юридического лица. В Палестине, Израиле, Акко и Галилее, в Латвии, Сирии и Ливане есть официальные представители ИППО.

В России открыты следующие региональные отделения ИППО:

Белгородское
Владимирское
Воронежское
Екатеринбургское
Ивановское
Калужское
Карачаево-Черкесское
Костромское
Краснодарское
Крымское (Симферополь)
Московское
Московское областное
Нижегородское
Новгородское
Новосибирское
Оренбургское
Орловское
Пермское
Псковское
в Республике Башкортостан
в Республике Коми (Сыктывкар)
в Республике Татарстан (Набережные Челны)
Ростовское-на-Дону
Самарское
Санкт-Петербургское
Севастопольское
Тверское
Ульяновское