Все без исключения Государи Всероссийские, начиная с Михаила Феодоровича, посещали Новоспасскую обитель, чтобы поклониться отеческим гробам. По историческим документам в подклете Спасо-Преображенского собора - главного храма Новоспасского монастыря - насчитывалось более 70 захоронений бояр Романовых - предков царственного Дома. Здесь покоятся родоначальник Романовых Роман Юрьевич Захарьин, его сыновья, мать первого царя рода Романовых великая государыня инокиня Марфа Иоанновна, пострадавшие при Годунове братья Патриарха Филарета, царевна Ирина, дочь Михаила Феодоровича, другие представители этого судьбоносного для России рода. Здесь также нашла упокоение инокиня Досифея – княжна Тараканова, предположительно дочь императрицы Елизаветы Петровны.

В 1995 году в уже возрожденный Новоспасский монастырь из Кремля были торжественно перенесены и захоронены в родовой усыпальнице бояр Романовых чудом сохранившиеся останки Великого Князя Сергия Александровича Романова, убиенного 4 февраля  1905 года и первоначально похороненного в Чудовом монастыре, который был разрушен в 1930-е годы.

В память о посещении обители в 1900 году царской четой – императором Николаем Александровичем и императрицей Александрой Феодоровной в усыпальнице был устроен храм в честь  небесного покровителя рода Романовых преподобного Романа Сладкопевца. Великий Князь Сергий Александрович и Великая Княгиня Елизавета Феодоровна не раз посещали это место, а 28 декабря 1902 года присутствовали при его освящении. Усыпальница Романовых была восстановлена в конце 1990-х годов, в ней воссоздан храм в честь преподобного Романа Сладкопевца.

В этом храме и находится могила первого Председателя Императорского Православного Палестинского Общества Сергея Александровича - почетного члена ИППО со дня основания Общества.

Рядом с великим князем в стене захоронен другой почетный член ИППО, удостоенный этого звания тоже в день основания Палестинского Общества - епископ Чигиринский Порфирий (Успенский), первый начальник Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, доживавший свои последние годы в Новоспасской обители.


На территории Новоспасского монастыря скульптором Н. Орловым воссоздан Крест-памятник великому князю Сергею Александровичу по образу уничтоженного в 1918 году Креста-памятника, установленного в Кремле на месте гибели Сергея Александровича и выполненного по проекту живописца В. М. Васнецова.