Через 10 лет он был освящен в присутствии самого императора Николая II, тоже почетного члена Палестинского Общества. Спустя 95 лет  другой почетный член Императорского Православного Палестинского Общества Патриарх Алексий II, возглавлявший Комитет почетных членов ИППО, высказал идею восстановить Морской собор, который был закрыт в 1929 году и разорен.

Эту идею поддержала супруга президента Светлана Медведева, предложившая создать попечительский совет, который и возглавила. В состав попечительского совета вошел действительный член ИППО Леонид Слуцкий, депутат Госдумы, он же стал Президентом Международного благотворительного фонда «Кронштадтский Морской собор во имя Святителя Николая Чудотворца». Духовное покровительство возрождению собора оказывает Святейший Патриарх Кирилл, Председатель Комитета почетных членов ИППО.

Морской собор был заложен в городе-крепости Кронштадте в 1903 г.

Морской собор святителя Николая Чудотворца, задуманный как памятник всем морякам, как хранилище реликвий флота, трофеев морских побед, считался духовным центром военно-морского флота России и строился всем миром в течение 10 лет.

Курировал строительство государь Николай Александрович, лично просматривавший и утверждавший чертежи и несколько раз посещавший строительство.

Архитектурное решение храма отражало высокий  смысл его замысла – главный собор Российского флота имеет прообразом важнейшую святыню Православия – Святую Константинопольскую Софию, которую перед началом работы над проектом и посетил его автор архитектор Василий Антонович Косяков вместе со своими помощниками.

Проект иконостаса Василий Косяков создавал при участии своего брата, архитектора и театрального художника Георгия Косякова. В процессе работы над собором Василий Косяков сделал несколько комплектов чертежей с вариантами решений, это более тысячи ватманских листов красочных чертежей, выполненных цветной тушью и акварелью. Прекрасный рисовальщик, он сам  выполнял эскизы орнаментов и мозаичных вставок для иконостаса и киотов.

Иконостас решен в византийском стиле с применением алтарной преграды в виде колоннады по подобию той, которая впервые была применена в Святой Софии при императоре Юстиниане (527-565), установившем преграду из 12 колонн по числу апостолов. В декоре мраморных частей иконостаса были использованы характерные для византийского церковного искусства резные изображения виноградных лоз, павлинов, агнцев и других символических образов.

Иконы располагались в иконостасе в четыре яруса. В первом ярусе, Местном, помещены полнофигурные иконы Спасителя, Божией Матери, Св. княгини  Ольги, Св. Апостолов Петра и Павла, Свят. Николая Чудотворца, Св. Иоанна Рыльского. Второй ярус — Мозаичный фриз, прерывающийся только порталами Царских врат, включает киоты для живописных икон Праздничного ряда. Третий ярус — Апостольский — состоит из 16 полнофигурных изображений святых Апостолов (все Апостолы от двенадцати и четыре Евангелиста). Четвертый ярус — Пророческий — включает ряд икон, представленных 16 поясными иконами святых Пророков.

Сооружение иконостаса продолжалось с 1907 по 1913 гг.  В нем участвовали скульптурная мастерская Попова, императорская Петергофская гранильная фабрика, мозаичная мастерская Фролова, мастер скульптурных работ А. Андреев, художник К. Петров-Водкин.

Беломраморный иконостас, выполненный в мастерской скульптора  Н. А. Попова по рисунку В. Косякова стал настоящим шедевром каменной резьбы. Тонкие мраморные пластины с искусно выполненной рельефной резьбой крепились к каменному каркасу, создавая впечатление монолита. Нижний ярус иконостаса был украшен колоннами из цветного мрамора, в третьем ярусе между икон – мраморные полуколонны с византийскими капителями. Ажурная резьба перемежалась яркими мозаичными фризами, иконами и вставками из полудрагоценных камней. Венчала иконостас ажурная медная решетка с растительным орнаментом и три высоких креста с подвесками над каждым приделом. Подвески из чистейшего горного хрусталя, выполненные ювелирами Петергофской фабрики, сверкали всеми гранями, отражая разноцветные лучи лампадок. На солею вела высокая мраморная лестница, во время богослужений украшавшаяся роскошным ковром с морским орнаментом, также по рисункам братьев  Косяковых.

Слева на солее высилась кафедра проповедника, выполненная по проекту Георгия Антоновича. Она была украшена изящной мраморной резьбой,  цветными колонками и вставками из ярко-синей ляпис-лазури и розового орлеца. Подставка для книги была решена в виде столбика, увенчанного большой мраморной фигурой птицы (орла) с полураскрытыми крыльями.

Повторить эту красоту взялись опытные специалисты реставрационно-производственного предприятия «Таргет-Цель», которое возглавляет генеральный директор Вячеслав Иванович Суслин, действительный член Императорского Православного Палестинского Общества, кавалер почетного памятного знака ИППО «Орден Великого князя Сергия Александровича». Именно этому предприятию поручено воссоздание иконостаса и мраморных деталей алтаря.

Работы по воссозданию иконостаса специалистами предприятия «Таргет-Цель» начаты в апреле 2010 года и ведутся на основе фотографий Карла Буллы, сделанных накануне освящения собора, проектных чертежей из коллекции В. А. Косякова, сохранившихся в фундаментальной библиотеке Государственного Архитектурно-строительного университета (ГАСУ). Данные по конструкции, строительству, изготовлению элементов декора сохранились в документах Российского государственного архива военно-морского флота (РГАВМФ).

В октябре 2010 года был полностью смонтирован по архивным документам первый ряд иконостаса, общая площадь которого около 80 кв.м, установлены мраморные колонны с бронзовыми базами и капителями. Практически третья часть от общего объема работы уже выполнена. Завершилось воссоздание иконостаса в декабре 2011 года. То, что делалось изначально в течение 16 лет, по сохранившимся рисункам и на основе современных технологий специалисты-реставраторы смогли повторить за 20 месяцев.

Полностью реставрация Морского собора завершилась в 2013 году, к празднованию 400-летия воцарения династии Романовых, спустя 100 лет после торжественного освящения собора 10 июня 1913 года, на которое прибыл сам император Николай II в морской форме и при Андреевской ленте в сопровождении великого князя Кирилла Владимировича, чудом спасшегося в 1904 году во время гибели броненосца “Петропавловск”, морского  министра и председателя Строительного комитета Морского собора контр-адмирала Ивана Константиновича Григоровича, командира Кронштадтского порта и вице-председателя Строительного комитета вице-адмирала Роберта Николаевича Вирена и других видных деятелей российского флота. Все стоящие на Кронштадтском рейде суда были расцвечены флагами… Чин освящения совершил глава военного и морского духовенства  протопресвитер Георгий Шавельский в сослужении со своим помощником протоиереем Иоанном Моревым, благочинным морских церквей Петербурга протоиереем Алексием Ставровским, впоследствии, в 1918 году, расстрелянным в Кронштадте, а также многочисленным судовым духовенством.

В церемонии освящения принял участие Председатель Императорского Православного Палестинского Общества С.В.Степашин. Чин освящения совершил Святейший Патриарх Кирилл.