После упразднения Палестинского комитета (1859-1864) вопросами организации русского паломничества на Святой Земле стала заниматься Палестинская комиссия, образованная 7 апреля 1864 года.
После создания в 1882 году Православного Палестинского Общества некоторое время обе организации существовали параллельно, но Палестинское Общество не вмешивалось в дела приема паломников на Святой Земле, занимаясь открытием школ, строительством храмов и др. вопросами. Чтобы не пересекаться с Палестинской комиссией в деле организации паломнической жизни, было решено строить свое подворье в Иерусалиме - будущее Сергиевское подворье. Почти одновременно с завершением его строительства в марте 1889 года все дела и имущества Палестинской комиссии были переданы Палестинскому Обществу, которое перешло под высочайшее покровительство и стало именоваться Императорским.