Его первым председателем стал архиепископ Воронежский и Задонский Преосвященный Анастасий (Добрадин), почетный член ИППО.


Владыка сразу же инициировал в Воронеже проведение палестинских чтений и сам неизменно на них присутствовал, давая слушателям свое архипастырское благословение. Для чтений был выбран просторный читальный зал Митрофановского монастыря.

Глубокий ученый, образованный человек, магистр богословия Преосвященный Анастасий (Добрадин) 15 мая 1892 года был награжден орденом святого Владимира II степени, 6 мая 1897 года орденом святого благоверного Великого Князя Александра Невского. При его управлении в 1901 году открыт Церковный историко-археологический комитет (ЦИАК), на нужды которого за двенадцать лет он пожертвовал 1250 рублей собственных средств. Итогом деятельности комитета была разработка многих вопросов истории епархии в XVII–XIX веках, отраженная в четырнадцати выпусках «Воронежской старины».

При архиепископе Анастасии (Добрадине) дважды освящен после ремонта и перестройки кафедральный Благовещенский собор – 24 марта 1892 года и 7 августа 1903 года. Значительных затрат энергии от Преосвященного потребовало строительство Владимирского собора. Замысел создания этого «храма-памятника» появился еще при епископе Вениамине (Смирнове) в 1888 году. Архиепископу Анастасию (Добрадину) пришлось в течение десятилетия заниматься поиском средств для строительства собора, убеждать духовных и светских лиц стать жертвователями. Первое богослужение во Владимирском соборе состоялось 14 июля 1910 года.

В не сохранившемся полностью дневнике Преосвященного (он насчитывал 3120 страниц), частично опубликованном после его смерти, отражена повседневная жизнь епархии. За свое правление архиепископ Анастасий (Добрадин) объездил решительно все приходы, даже самые отдаленные, поэтому знал лично весь состав духовенства. Он активно занимался благотворительностью. В годы Первой революции архипастырь стремился удержать верующих и власти от радикализма, хотя он сам сочувствовал правым партиям и течениям. По словам митрополита Мануила (Лемешевского), Преосвященный был «добрый и крепкий, всех поражал своей неутомимостью и работоспособностью».

Архиепископ Анастасий (Добрадин) скончался 1 мая 1913 года в Воронеже. Он был погребен в Благовещенском соборе Митрофановского монастыря архиепископом Курским Стефаном (Архангельским) и викарным епископом Владимиром (Шимковичем), в 1956 году прах был перезахоронен на городском Коминтерновском кладбище, а в 1993 году по благословению митрополита Мефодия (Немцова) могила перенесена на территорию Алексеевского Акатова монастыря.

После преставления Владыки Анастасия (Добрадина) епархию возглавил Преосвященный Тихон (Никаноров), бывший до этого Калужским и Боровским и возглавлявшим Калужский отдел Императорского Православного Палестинского Общества. Владыка был почетным членом ИППО и будучи хоть и непродолжительное время главой Калужского отдела уделял большое внимание Сергиевому скиту ИППО. Вскоре по вступлении на Калужскую кафедру к Преосвященному Тихону (Никанорову) обратилась с рескриптом Председательница ИППО Великая Княгиня Елисавета Феодоровна, высоко оценив деятельность Владыки на прежнем месте его служения: «Последовавшее 25 июня сего года призвание Вашего Преосвященства к управлению Калужской епархиею, в коей действует местный Отдел руководимого Мною Императорского Православного Палестинского Общества, дает Мне приятный случай обратиться к Вам с просьбою принять на себя вместо отбывшего из епархии Владыки Александра председательство в Калужском Отделе Общества. Предшествовавшая благоплодная деятельность Ваша в звании Председателя Пензенского Отдела, коим Вы изволили руководить в течение пяти лет, дает Мне полное основание надеяться, что и на новом месте святительского служения в епархии Калужской Ваше Преосвященство с неизменным сочувствием и благожелательностью отнесется к целям и задачам близкого Моему сердцу Палестинского Общества. Поручаю Себя и Общество Вашим святительским молитвам. Искренно к Вам расположенная Елисавета» («Калужский церковно-общественный вестник», 1912 год. № 27. С. 13)

6 декабря 1914 года Преосвященному Тихону (Никанорову) выпало встречать прибывшего в Воронеж Государя Императора Николая II. Будущие Царственные Страстотерпцы Государь Император Николай II, его супруга Государыня Императрица Александра Федоровна, Великие Княжны Ольга и Татьяна посетили Митрофаниев монастырь, объехали госпитали для раненных воинов, утешая солдат. С начала Первой мировой войны при церквах епархии были открыты попечительские советы для оказания материальной и моральной помощи нуждающимся, собирались и отсылались подарки в действующую армию, действовали госпитали для раненых и комитеты для беженцев.

Согласно «устойчивому преданию», впервые опубликованному протопресвитером Михаилом Польским, 9 января 1920 года (27 декабря 1919 года по старому стилю) архиепископ был повешен на Царских вратах Благовещенского собора во время совершения богослужения. Однако по данным епископа (впоследствии митрополита) Сергия (Петрова), автора так и не изданного труда «История Воронежской епархии от ее учреждения до наших дней» кончина архиепископа Тихона (Никанорова) была вполне естественной. Он тихо почил о Господе 27 февраля 1920 года, заболев тифом, свирепствовавшим тогда в Воронеже, и был погребен в склепе Благовещенского собора. В 1956 году его останки перезахоронены на городском Коминтерновском кладбище. В 1993 году перенесены на некрополь Воронежского Алексеевского Акатова женского монастыря. На Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года архиепископ Тихон (Никаноров) был причислен к лику новомучеников и исповедников Российских.

В монастыре был погребен еще один почетный член Императорского Православного Палестинского Общества – митрополит Воронежский и Задонский Преосвященный Владимир (Шимкович). В 1896–1897 годах он возглавлял Екатеринбургский отдел ИППО, а затем был уволен на покой. 31 января 1900 года Высочайше утвержден доклад Святейшего Синода «о бытии пребывающему на покое в Херсонесском Святого Владимира монастыре Таврической епархии преосвященному Владимиру епископом Острогожским, викарием Воронежской епархии». В марте 59-летнего викария торжественно встречала епархия. Резиденцией его стал старинный, но тихий и малолюдный Алексеевский Акатов монастырь. 2 апреля он уже был избран товарищем Председателя Воронежского отдела.

Епископ Владимир стал надежным помощником Преосвященного Анастасия (Добрадина) во всех делах: инспектировал сельские приходы и духовные училища, рукополагал священников, освящал храмы, участвовал в работе Церковного историко-археологического комитета и миссионерского общества. Он был председателем епархиального училищного совета и много приложил труда в деле образования в церковноприходских школах.

В 1911 год Владыка Владимир, епископ Острогожский, викарий Воронежский и настоятель Акатова монастыря, вместе с архиепископом Анастасием (Добрадиным), епископом Орловским Григорием (Вахниным), епископом Гомельским Митрофаном (Краснопольским) принял участие в грандиозном торжестве в Задонске — 50-летии со дня прославления святителя Тихона Задонского. Число богомольцев превысило 100 тысяч человек.

В мае 1913 года Преосвященный Владимир (Шимкович) предстательствовал при погребении архиепископа Анастасия (Добрадина).

Вместе с новым Преосвященным Тихоном (Никаноровым) Владыка Владимир (Шимкович) не покинул город Воронеж. В августе 1925 года архиепископ Владимир Патриаршим Местоблюстителем митрополитом Крутицким Петром (Полянским) был возведен в сан митрополита как защитник православия и борец с обновленчеством. В воспоминаниях современников так рисуется его облик: «Своим тихим, ласковым светом, своей необыкновенной, проникновенной теплотой и вниманием он согревал всех, приходивших к нему. Он не был блестящим архиереем. Его тихий свет не был заметен на далеком расстоянии, но кто знал владыку митрополита близко, всей душой предан ему и до конца дней своих сохранит в сердце его светлый образ». Смуты и потрясения не повлияли на убеждения митрополита Владимира (Шимковича) в торжестве православия, он не принял никаких нововведений и остался верен тому выбору, который сделал в дни своей юности.

Митрополит Владимир (Шимкович) умер в Рождественскую ночь с 6 на 7 января 1926 года и был погребен в склепе под полом Алексеевско-Владимирской церкви Алексеевского Акатова монастыря, за правым клиросом.

Летом 1931 года монастырь закрыли. По сведениям М. Польского (а он обычно пользовался просочившимися из России рассказами очевидцев), на первом этаже церкви устроили гараж. Ходили слухи, что могилу митрополита вскрыли, и тело его погребли на кладбище. Но возможно, что останки Высокопреосвященного и сейчас находятся в подполье восстановленной монастырской церкви.

В ближайшее время будут проведены тщательное архивно-историческое исследование о работе Воронежского отдела ИППО и судьбе его руководителей и рядовых членов. Уже сейчас обнаружено в архивах и частных коллекциях много редких фотографий председателей Воронежского отдела Общества, работа в этом направлении будет продолжаться.