С 1899 года по 1903 год он возглавлял Русскую Духовную Миссию в Иерусалиме и в 1900 году стал действительным членом ИППО. 12 декабря 1904 года был избран почетным членом Общества. Владыка всегда старался в пастырях пробудить дух ревности, призывал их к проповедничеству. Для него характерны были отеческое отношение к учащимся, беззлобность и безгневность, желание сделать добро всякому человеку.

В период управления Преосвященным Александром (Головиным) Калужской и Боровской епархией в 1910–1912 годах он, будучи председателем Калужского отдела ИППО, оказывал огромное содействие делу строительства Сергиева скита Калужского отдела Императорского Православного Палестинского Общества и был духовным наставником члена Общества, настоятеля скита иеромонаха Герасима (Гаврилова). Долгие годы Владыка Александр был сподвижником председателя Тверского отдела ИППО архиепископа Алексия (Опоцкого), с которым трудился в сане епископа Старицкого.


Последним местом земных трудов Владыки стал Ново-Иерусалимский монастырь. С 1912 по 1916 год епископ Александр был настоятелем монастыря, где 4 февраля 1916 года он скончался от атеросклероза. Преосвященный Александр (Головин) был погребен напротив алтаря придельного храма во имя Марии Магдалины Воскресенского собора.

В обители остался его богатейший архив. Память этого достойного деятеля Русской Православной Церкви нуждается в более широкой популяризации.