Первые упоминания о монастыре святого Иоанна Крестителя появляются в XVI в. согласно датировке рукописи из монастырской библиотеки.
Судя по резному кресту, располагавшемся на притолоке врат храма Иоанна Крестителя он был построен в XV–XVI вв. Крест характерен своими очертаниями в виде рыбьего хвоста. Три другие креста выгравированы на притолоке и колоннах северного портала. Он включает камни значительных размеров времен Римской империи, принадлежавшие прежде бывшему на этом месте языческому храму. Идолослужение продолжалось здесь до половины IV века, когда христианство утвердилось и языческий храм был разрушен, от прежнего здания сохранился лишь этот портал. Позднее колонны были распилены и использованы в основании нового храма.
Церковь уникальна, она включает в себя два храма с двумя нефами и одним алтарем, своды разделяют помещение на две части. По мнению исследователей, такой архитектурный прием не характерен для этой местности.
В храме сохранились детали фресок датирующихся ранее X в. Раскрыто три слоя росписи. В нефе церкви Пресвятой Богородицы, расположенном к северу от храма святого Иоанна Крестителя обнаружены захоронения. Найдены пять могил принадлежащие двум детям и трем взрослым, во всех захоронениях найдены масляные светильники, которые кладутся в могилу по монашескому чину. Этот обычай бытует до сих пор в некоторых обителях.
Монастырь процветал до нашествия арабов, после него стал приходить в упадок, но не был подвергнут полному разрушению. Монахи периодически селились на этом месте и таким образом монашеская традиция передавалась из поколения в поколение даже до наших дней. Основное свидетельство этого – главное кладбище, на котором хоронили вплоть до XX века. Последнее погребение датируется 1942 г. это могила архимандрита Василиоса (Аль-Амма). Об этом гласит надпись около входа в храм Иоанна Крестителя, она была обнаружена при вскрытии плит, скрывавших ступени лестницы ведущей в крипту.
Письменные сведения из истории монастыря относятся к XVIII в., 1760 и 1770 годам. В результате политических и военных изменений, произошедших в регионе, монахи из монастыря святого Илии Шойа поселились здесь при поддержке семейства Маалуф, основавшего селение Мухайдсе вкупе с монастырем Илии Шойа.
Далее настал период расцвета монастыря и монашеская традиция продолжалась неповрежденно до 1942 г. когда скончался последний настоятель. Тогда митрополит Гор Ливанских взял на себя заботу об обители и ее землях, назначил священника номинальным настоятелем. Такое положение продолжалось до времени Ливанской войны, когда здесь в течение десяти лет располагались войска. В результате чего строения и земли пришли в запустения.
В 1990 г. Семья Святой Троицы, новая монашеская община, получила благословение на восстановление монашеской жизни в монастыре. Община включает два монастыря: монастырь святого Иоанна Крестителя, в котором живут одиннадцать монахинь во главе с игуменьей Мариам (Закка). Обитель придерживается старых монашеских традиций. Другой монастырь святого Силуана Афонского – мужской, расположен в трехстах метрах от монастыря святого Иоанна. Был основан в начале девяностых и сейчас здесь проживают четыре монаха во главе с архимандритом Фомой (Битар), игуменом и экономом Семьи Святой Троицы.
29/06/2005 Православие.ру