Председатель Комитета Почетных членов ИППО Патриарх Московский и всея Руси Алексий II
Утром 5 декабря 2008 года на 80-м году жизни скончался Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Его имя навсегда будет вписано в историю Русской Православной Церкви как человека, объединившего две ветви разделенной Русской Церкви. Для Императорского Православного Палестинского Общества Патриарх выступил в таком же воссоединяющем качестве, возглавив в 1990-е годы Комитет почетных членов ИППО, тем самым возобновив сотрудничество Общества и Церкви, прерванное после революционных потрясений.
В 1990-е годы Общество переживало трудные времена, Академия наук не могла даже минимально его финансировать. Воссоединение с Русской Православной Церковью, покровительство Патриарха послужили укреплению авторитета ИППО. После того, как в 1992 году было возвращено историческое название Обществу, Императорское Православное Палестинское Общество восстановило свою историческую преемственность, и смогло опять содействовать Православию, для чего оно и создавалось в 1882 году.
Таким образом укрепились связи Общества с Церковью, разорванные во времена революционной смуты. При Патриархе Алексии II ИППО провело несколько совместных с Церковью конференций, посвященных различным аспектам деятельности Общества и его подвижников в исторической ретроспективе. Патриарх принимал участие во встречах с руководством ИППО, в общих годовых собраниях Общества 2007 и 2008 гг.
По благословению Святейшего на пост Председателя ИППО была предложена кандидатура Председателя Счетной Палаты РФ Степашина С. В., который и был избран главой ИППО на юбилейном собрании 14 июня 2007 года, в год 125-летия Общества.
На юбилейном собрании Председатель ИППО С. В. Степашин от имени всех членов Палестинского Общества поздравил Святейшего Патриарха с 17-й годовщиной Интронизации и по поручению Общества «За благородство помыслов и дел» вручил Предстоятелю Русской Православной Церкви орден «Золотого сокола». Этой наградой отмечена выдающаяся повседневная деятельность Святейшего Патриарха по возрождению православной духовности и культуры в обществе, за укрепление мира и нравственности, неустанную работу по созданию необходимых условий для упрочения дружбы и мира между народами и государствами.
Председатель ИППО С. В. Степашин вручает Патриарху Московскому и всея Руси Алексию документы на землю в Иерихоне, оформленную в собственность Русской Духовной Миссии Московского Патриархата. 12 июня 2008 г.
Совместное сотрудничество государства, Общества и Церкви приносит свои плоды: возвращается утраченная собственность ИППО, земельные участки, восстанавливаются культурные и духовные связи России и стран, в которых ИППО присутствовало до революции.
Святейший служил до последнего. 30 ноября он, находясь в Германии на излечении, совершил богослужение в мюнхенском кафедральном соборе в честь Новомучеников и исповедников Российских совместно с настоятелем собора архиепископом Берлинским и Германским Марком, Председателем Православного Палестинского Общества в Святой Земле, и др. архиереями из европейских стран. Вернувшись из Германии, 2 декабря совершил молебен у раки с мощами митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова) в московском храме Христа Спасителя. Вчера после Божественной Литургии в Успенском соборе Кремля поздравлял всех присутствующих с праздником Введения во храм Пресвятой Богородицы… А сегодня его уже нет с нами. О смерти Патриарха Алексия II возвестил звон колоколов всех московских церквей. В соответствии с церковным каноном, звонили колокола более чем шестисот храмов столицы.
Председатель Императорского Православного Палестинского Общества, Председатель Счетной Палаты РФ С. В. Степашин от имени Общества направил официальное соболезнование в Московский Патриархат. Члены Императорского Православного Палестинского Общества вместе со всем православным миром скорбят о постигшей нас утрате и возносят молитву за упокой души Его Святейшества Патриарха Алексия.