28 мая 2013 года в Кронштадте находящийся с визитом в России Блаженнейший Патриарх Иерусалимский и всей Палестины Феофил III и Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершили чин великого освящения Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца после капитальной реставрации и Божественную литургию в новоосвященном храме. В церемонии принял участие Председатель Императорского Православного Палестинского Общества, глава Счетной палаты России Сергей Степашин

Сергей Степашин сердечно поздравил Святейшего Патриарха Кирилла с этим знаменательным событием.

В освящении собора и богослужении в новоосвященном храме приняли участие почетные и действительные члены Императорского Православного Палестинского Общества: митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, председатель Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата митрополит Волоколамский Иларион, председатель Финансово-хозяйственного управления Московского Патриархата епископ Подольский Тихон (член Совета ИППО), начальник Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандрит Исидор (Минаев).

На богослужении присутствовали полномочный представитель Президента РФ в Центральном федеральном округе А. Д. Беглов, полномочный представитель Президента РФ в Северо-Западном федеральном округе В. И. Булавин, министр культуры РФ В. Р. Мединский, губернатор Санкт-Петербурга Г. С. Полтавченко, губернатор Ленинградской области А. Ю. Дрозденко, главнокомандующий Военно-морским флотом РФ адмирал В. В. Чирков, командующие флотами: Тихоокеанским — вице-адмирал С. И. Авакянц, Балтийским — вице-адмирал В. П. Кравчук, Черноморским — вице-адмирал А. В. Витко, Каспийской флотилией — вице-адмирал С.Г Алекминский, а также председатель Попечительского совета Целевой комплексной программы «Духовно-нравственная культура подрастающего поколения России» С. В. Медведева, члены Общественно-попечительского совета Кронштадтского Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца, члены Комиссии по художественному убранству собора, реставраторы, художники, строители, участвовавшие в возрождении кронштадтской святыни.

Среди приглашенных лиц находился действительный член Императорского Православного Палестинского Общества, генеральный директор ООО РПП «Таргет-цель» В. И. Суслин, руководивший реставрацией иконостаса.

В нижнем храме-усыпальнице св. прав. Иоанна Кронштадтского, освященном в честь пророка Божия Илии и святой царицы Феодоры, Блаженнейший Феофил и Святейший Патриарх Кирилл совершили молитву и поклонились честным мощам святого праведного Иоанна Кронштадтского.

Морской собор был заложен в 1903 году святым праведным Иоанном Кронштадтским, почетным членом Императорского Православного Палестинского Общества (ИППО). Через 10 лет он был освящен в присутствии самого императора Николая II, тоже почетного члена Палестинского Общества. Спустя 95 лет  другой почетный член  Императорского Православного Палестинского Общества Патриарх Алексий II, возглавлявший Комитет почетных членов ИППО, высказал идею восстановить Морской собор, который был закрыт в 1929 году и разорен.

Эту идею поддержала супруга тогдашнего президента Светлана Медведева, предложившая создать попечительский совет, который и возглавила. В состав попечительского совета вошел действительный член ИППО Леонид Слуцкий, депутат Госдумы, он же стал Президентом Международного благотворительного фонда «Кронштадтский Морской собор во имя Святителя Николая Чудотворца». Духовное покровительство возрождению собора оказывал Святейший Патриарх Кирилл, Председатель Комитета почетных членов ИППО.